Tổng cộng có 6 phân loài mèo cát:

• Felis margarita margarita, sống ở Bắc Phi, từ Algérie tới Arabia
• Felis margarita airensis, sống ở Niger
• Felis margarita harrisoni, sống ở Bán đảo Ả Rập
• Felis margarita meinertzhageni, sống ở Sahara
• Felis margarita thinobia, sống ở vùng duyên hải biển Caspi thuộc Iran, Turkmenistan
• Felis margarita scheffeli, sống ở Pakistan

F. m. thinobia đôi khi được xem là một loài riêng biệt; F. m. scheffeli được Hiệp định mậu dịch về các loài bị đe dọa trong các quần thể động thực vật tự nhiên (CITES) xếp vào loài bị đe dọa trong khi Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế chỉ xếp nó vào loài sắp bị đe dọa vào năm 2001.